台灣過去的禽流感病毒對水禽（鴨、鵝）是低病原性，疫情多在雞隻間爆發，但這一波禽流感卻對水禽造成重大傷害，其中鵝場通報異常的隻數達219萬隻、已撲殺128萬隻，幾乎是將台灣的養鵝業「歸零」，因此復養程序也格外引人關注。
農委會防檢局局長張淑賢表示，禽場在撲殺過後還需要全面消毒、淨空21天，飼養至少20隻的「哨兵家禽」21天，確認禽場已無病毒殘留，才得以復養，因此最快也要3月底才能全面復養，農委會將在這段時間內輔助水禽業者轉型，全面加強禽場的生物安全及自主防疫。
張淑賢也呼籲業者不要急著復養，若是飼養環境沒有改變、或是周圍仍有案例場，復養後又感染的可能性非常高，反而得不償失。張淑賢表示，農委會虛心檢討此次疫情，並希望能夠因此大破大立，在產業重建時鼓勵水禽業者全面轉型，朝向更高生物安全的室內飼養發展，台灣的水禽場多是開放式飼養，禽場距離又近，容易交叉汙染，此外，候鳥每年都會來台灣，就算此次病毒清除，若是飼養方式不改變，將來依然會有感染的高風險。
農委會畜牧處科長李宜謙說明，農委會會制定一套模式化、標準化的水禽室內飼養規格，讓業者依據不同成本去選擇，完整的方案最晚4月會出爐，將會有技術服務團比照陸禽設置室內養殖場的模式，輔導水禽業者轉型。李宜謙表示，農委會不會強制要求水禽業者轉型，但會充分溝通，並協助業者進行低率貸款。
此外，此次有部分受感染禽場是漁牧綜合經營，近日各地方政府也對魚池進行撲殺清除作業，張淑賢說明，受感染禽場的魚就像是運輸車與機具一樣，雖然本身不會感染禽流感，但是會攜帶病毒，若是不全面撲殺，野鳥、候鳥再來水池吃魚，恐怕會因小失大，因此受感染禽場的魚池也將全面清場，將來復養會建議業者專一飼養，不要使用漁牧綜合方式飼養。