聖托馬斯(Saint Thomas)，基督耶穌的十二使徒之一，他從埃德薩(Edessa)來到印度傳教，亦是印度最古老的教堂創始人。公元4世紀的基督教作家和歷史學家，記錄了聖托馬斯在印度的福音工作和印度基督教會會務。根據紀錄，聖托馬斯在公元52年從印度喀拉拉邦Thrissur縣的科東格阿爾盧爾(Kodungallur) 登岸傳福音，並在六個不同的地方成立教會(即後来之敘利亞教會)，由他親自任命主教和神父。
公元72年左右聖托馬斯在現今清奈St. Thomas Mount（聖托馬斯教堂所在地點）被人用長矛刺殺殉道，血染紅了十字架和周圍的土地。山下的聖托馬斯聖殿（San Thome Basilica）原來是17世纪發現聖托馬斯墓地的地方，教堂至今亦放有聖托馬斯的遺骨棺木，供後人瞻仰。
喀拉拉邦則有另一群基督徒的故事。在公元345年，一名猶太商人帶了72戶的猶太家庭，遠從巴格達(Baghdad)到耶路撒冷(Jerusalem)，又輾轉移民到印度。這些新移民，在南喀拉拉的佩麗雅(Periyar)的上岸，因此，所以又被稱為南方基督徒(Southists) ，和當時己經在當地的Cranganore北基督徒(Northist) 以示區別。
基督教會在這些地區，傳承了近二千年，在印度保留了原始基督教和宗教儀式和知識遺產。雖然找不到書面證據。但是從聖托馬斯的繼任者與其基督教教會管轄的方式，可以推斷出印度的教會是受到中東教會的管轄。而基督教在印度雖然紮根甚早，開始興盛還是在受葡萄牙和英國殖民時才開始。
葡萄牙印度大將軍Vasco De Gama 於1498年在喀拉拉Calicut登陸，後來佔領了果亞(Goa)。他們在這裡取得香料、鑽石的貿易權，使得葡萄牙勢力日益茁壯，並挾羅馬教會的力量，開始在南印度迫害在地的聖托馬斯敘利亞教會。葡萄牙人試圖以金錢和職位引誘教徒放棄印度東正教傳統，接受葡萄牙羅馬天主教的接管，否則就予以無情地殺害或流放這些來自波斯的主教，並同時阻撓波斯任命的新主教，軟硬兼施地試圖迫使喀拉拉敘利亞教會羅馬天主教教會的控制。
所有喀拉拉教會一致拒絕並反對這些壓迫。於是在果亞的葡萄牙主教召集所有教會代表開宗教會議，如缺席不參加會議，將予以沒收財產。1599年6月20日，梅內塞斯主教(Bishop Menezes)和葡萄牙總督，派遣葡萄牙的武裝士兵，全力支持這自導自演的惡行。敘利亞教會執事Geevarghese不得已，隨著133名祭司、10名執事、和660教友出席。會議後，下令傳統的敘利亞教會必須聽命羅馬天主教會及接受教皇的權威。
1652年，在波斯的敘利亞教會，仍然委派大主教Mar Ahatallah，從敘利亞到印度。然而，當他抵達現今馬德拉斯的Mylapore耶穌會後立刻被拘捕，被解押到果阿。中途船停靠在科欽的港口時，25000名敘利亞基督徒遊行抗議，要求釋放他們的大主教。葡萄牙人不但不肯釋放他們的大主教，反將大主教推下船，讓他活活遭淹死。
所有在印度的敘利亞基督徒聽到這消息時怒不可抑，喀拉拉的Koonankurish聖十字教會發起反抗西方殖民主義的活動，千餘名的聖托馬斯敘利亞基督徒，聚集宣誓團結一致，一起扶起傾斜的十字架，對抗葡萄牙的邪惡勢力，誓言從羅馬天主教會的魔掌中掙脫，並永遠按照聖托馬斯敘利亞教會的傳統及服從聖托馬斯教會的執事。他們同時向聖托馬斯禱告，誓言保護聖托馬斯敘利亞基督教會悠久的歷史和傳統，可歌可泣的歷史令人動容。
今天印度政府的公報，依然稱這基督徒為「敘利亞的基督徒」。事實上，在17世紀葡萄牙對聖托馬斯敘利亞基督徒的教會的干預後，印度的基督教產生了以拉丁禮儀的新福音的基督徒(葡萄牙系统) 和仍然堅持傳統敘利亞語的基督徒(敘利亞系统) 。這種區分雖然是沿自當年葡萄牙殖民政府的歷史共業，但那令人傷痛的災難在時間的安撫下，如今己相安無事，世人早已淡忘。
有趣的是，喀拉拉敘利亞教會每逢重大的聖典，一定邀請敘利亞駐印度大使出席，即便是敘利亞現在已經是信奉伊斯蘭教的國家了。1995-99年，梵蒂崗駐台灣的車納德代辨(Mar Joseph Chennoth )就是来自喀拉拉敘利亞教會的神父。
喀拉拉聖托馬斯基督教會，代表一個獨特的族群。從歷史上來看，初期聖托馬斯基督教文化的發展是東方敘利亞和地喀拉拉人的文化的混合體。歐洲殖民入侵後，則加入歐洲殖民文化元素，形成了後期聖托馬斯基督教的文化型塑及特色，如今已成為世界上最重要的宗教遺產之一。如今基督徒占喀拉拉當地人口比例的百分之廿五，但自公元52年聖托馬斯在南印度的傳教開始，至今仍有數百萬名堅守東方敍利亞教會傳統的基督徒，歷經風風雨雨，仍然開花結果。敍利亞教會銀行也遍佈南印度，在印度南部所建立的非常多的學校與醫院，造福社會大眾，以生命去見證耶稣基督的福音。
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