研究顯示，當COVID-19病毒在人體停留超過 14 天，確診者病情可能加重，出現精神錯亂或延長住院時間，甚至與迅速清除病毒的患者比較，死亡風險更高。據估計，美國現在有 770 萬到 2,300 萬人受肺炎長期症狀影響，稱為「Long COVID」。
確診者若沒有接種疫苗或之前感染帶來的免疫力，那COVID-19病毒就會全身複製，並透過鼻子、嘴和腸道傳播，但大部分確診者病毒在最初感染 3~6 天達高峰，免疫系統會在 10 天內清除病原體，這段時間後排出的病毒不具傳染性。
長期症狀會造成更嚴重的病情
西北大學費恩伯格醫學院神經學家 Ayush Batra 表示，即使考慮到疾病的嚴重程度，無論患者是否插管或有潛在疾病，研究都表明，PCR 檢測結果持續呈現陽性的確診者，可能會出現更嚴重的病情。
未參與這項研究的加州大學舊金山分校的病毒學家和免疫學家 Timothy Henrich 表示，Batra 的研究表明，確診者若有長期症狀，可能會因病毒導致更嚴重的病情，但研究沒有調查持續存在的病毒，是否直接導致COVID-19長期症狀。
史丹佛醫療中心醫師 Linda Geng 表示，關於導致Long COVID症狀的原因有多種假設，包括病毒持續存活，且可能有多種因素影響，但可能每人嚴重程度不一。Linda Geng 是COVID-19急性後綜合症狀診所聯合主管，診所專門治療Long COVID。
持續存活的病毒會加重COVID-19病情
Batra 團隊觀察，某些返回醫院的確診者感染初期 4~5 週後，病毒檢測仍呈陽性，於是團隊開始進行相關研究，分析 2,518 名COVID-19患者，最初確診兩週 42% 患者 PCR 依然呈陽性，甚至 90 多天後 12% 患者呈陽性，269 天後有一名患者陽性。
研究人員表示，即使沒有明顯症狀的COVID-19患者，也會在幾個月乃至更長時間攜帶COVID-19病毒，一些免疫功能低下的患者，這病毒可能一年內都不會被清除。史丹佛大學慢性COVID-19感染試驗，4% COVID-19患者確診 7 個月後，糞便仍有病毒遺傳物質（RNA）。
排出RNA就代表還有病毒
持續排出 RNA 意味體內仍有病毒庫，神經學家 Michael VanElzakker 表示，與麻省綜合醫院、哈佛醫學院和塔夫茲大學都有聯繫，這些病毒庫會讓病毒持續存活很長時間，並引起免疫系統行為異常，可能導致Long COVID。
Batra 指出，由於各種原因，一些患者無法清除病毒庫，或免疫系統出現異常反應，最終導致持續症狀，也就是Long COVID，但很多科學家認為，沒有足夠證據把病毒 RNA 持續存活與Long COVID連在一起。
沉睡的病毒
多項研究顯示，感染 4 個月後患者腸道、痊癒 100 多天後去世的遺體捐獻者肺部，都發現病毒或病毒遺傳物質，未經同行評審的研究發現，感染 175 天和 462 天患者闌尾和乳房組織都發現病毒。
美國國家衛生研究院未經同行評審的研究發現，COVID-19病毒的遺傳物質在多器官以低程度存活 7 個多月，但血液檢測不到。
人體是病毒儲藏庫
東京大學病毒學家 Kei Sato 表示，發現活在人體組織的病毒並不奇怪，研究顯示，人體經常積累病毒，如第四型人類皰疹病毒（Epstein-Barr）、水痘帶狀皰疹病毒和許多處於沉睡狀態的皰疹病毒，這些持續存活的病毒，只有大範圍基因測序能辨識。
這代表證明或駁斥COVID-19病毒持續存活且與Long COVID有關非常複雜，如感染水痘幾十年後，潛伏的帶狀皰疹病毒可能重新驅動，留在人體的COVID-19病毒也可能造成長期健康問題。Henrich 認為病毒潛入深層組織，可能會引起免疫系統失調造成發炎狀態。
VanElzakker 認為，這種狀態證明病毒可能長期存活，且與身體達成不穩定的休戰，儘管如此，但 Geng 認為，把滯留人體的病毒與Long COVID連在一起，還需經廣泛研究，因目前提出的發生機制，還沒有辦法得出強力的結論。
清除長期存活的病毒或將治癒長期症狀
據 Geng 和 Henrich 團隊初步研究報告顯示，確診者接受輝瑞的COVID-19口服抗病毒藥物 Paxlovid 治療後，Long COVID症狀有改善，因 Paxlovid 可阻止病毒複製，這也是為什麼部分專家認為 Paxlovid 能清除殘留病毒，但 Geng 和 Henrich 都提醒，使用 Paxlovid 要謹慎。
Geng 表示，Paxlovid 在治療Long COVID作用方面有些有趣的假設，但需進一步研究和臨床試驗得到結論，美國食品藥物管理局就警告，Paxlovid 適用發病五天內的輕中症確診者、有重症風險因子的成人，並確實完成完整五天療程，未正確服用可能會影響治療效果。
COVID-19長期症狀需要好好研究
美國總統拜登指示衛生與公共服務部部長制定，針對Long COVID的國家行動計畫，因此美國國家衛生研究院已啓動研究，目的是瞭解、預防和治療與COVID-19有關的長期健康影響。證據表明，COVID-19疫苗不僅能繼續預防重症，還能預防很多Long COVID症狀。
一項最新研究比較 150 萬名未接種COVID-19疫苗者和 25,225 名接種疫苗的突破性感染者，發現疫苗大大降低感染 28 天後出現Long COVID的風險，感染後 90 天內疫苗能發揮更大保護作用。
Henrich 強調，雖然大多數人不會出現Long COVID症狀，但很難說是否有一定風險，且感染初期的 10 天，確定COVID-19病毒不會停下來，強烈呼籲民眾，不把COVID-19當一回事，就是不把自己的健康當一回事。