人類有幾個物種？
人到底有幾個物種？套一句常用的話：這要看你如何界定「物種」。你是指邁爾生物種概念下的生物種？還是指形態學物種概念（morphological species concept）下的化石種？如果你是指生物種，那答案是：不知道。如果你是指化石種，那答案是：大約二十四種。
我們可以肯定的是，目前地球上，其他人類物種都已經滅絕，人只剩下單一物種了，那就是我們這種智人（Homo sapiens）。不管是東方人（體型比較瘦小，眼睛大多為棕色，頭髮大多為黑色），還是歐美人（體型比較高大，眼睛顏色多樣化，有藍色灰色等等，且多為高鼻深目），或是非洲人（皮膚黑褐色，頭髮有些捲曲），各有各的不同長相，但他們全都屬於智人，屬於同一個物種。
何以證明我們今人都是同一物種？很簡單，用邁爾的生物種概念（見第一章）。不管是東方人、西方人或非洲人，還是白人或黑人，只要雙方合意，看對眼，全都可以互相自然交配，並生下有生育能力的後代（這點很重要）。既然彼此可以進行基因交流，沒有生殖隔離，所以我們今人都是同一個物種。
史前時代的「人與人的接觸」之謎
長久以來，人類演化史上的一大懸案，便是智人在大約六萬年前，走出非洲，來到歐亞大陸時，他們有沒有跟當時還住在歐亞的尼安德塔人交配過？過去數十年，這懸案無解，因為沒有證據，只有各家的猜想。
2010年，懸案終於解開了，而且證據確鑿。德國馬普演化人類學研究所所長，古基因學家帕玻（Svante Pääbo）的研究團隊，在這年5月的《科學》（Science）期刊上，發表了研究報告，揭露了尼人之謎，成功為尼人的整個古基因組做了初步定序，讓世人驚訝。2014年初，帕玻團隊以一個在阿爾泰山脈洞穴發現的尼人女性腳趾骨，再為尼人做了更詳細、全面的基因組定序。2017年，又為一個在克羅埃西亞洞穴發現的尼人女性遺骨，做了高覆蓋率的基因組定序，獲得了更多尼人的基因訊息。
帕玻團隊和其他科研人員，把尼人的基因組，拿來跟現代人的比對，發現今天歐洲人、亞洲人和其他非洲大陸以外的人，他們竟帶有百分之一到百分之三尼人的基因。這就證明了，尼人曾經和現代人的祖先交配過，雙方有基因交流，而且還產下有生育能力的下一代，所以才能把他們的基因，遺傳到我們今人身上。
這意味著什麼？這表示，尼人跟我們今人一樣，應當屬於同一個物種，令不少學者大跌眼鏡！今後，我們是不是應當把尼人，改列為智人的一個亞種？
基因分析得知：我基因有你 你基因有我
按照邁爾的生物種概念，能夠自然交配，並且能生下有生育能力的下一代，就是同一個物種。尼人曾經和我們的祖先交配過，以致我們今天幾乎每個智人身上（非洲人除外，見下段文字），都還帶有尼人的基因。這不就證明，雙方沒有生殖隔離嗎？雙方都有性的吸引力，可以自然交配。雙方也完成了基因交流：我基因中現在有了你，你基因中也有了我。你我不就是同一個物種嗎？
還有一個很好的旁證。帕玻的研究團隊發現，今天非洲人的基因，沒有尼人的基因。因為尼人的活動範圍，是在中東，後來擴散到西亞和歐洲，在大約三萬年前滅絕，但從未到過非洲，未曾和非洲的智人交配過，沒有基因交流，所以今天的非洲人，自然也不會帶有尼人的基因了。
不過，這一點需要釐清，因為2020年2月，美國普林斯頓大學一支研究團隊，利用一種新的基因分析法，發表了一項最新研究，顯示非洲人其實普遍帶有尼人的基因。這不是因為尼人曾經到過非洲，而是因為那些在近東等地居住的現代智人，跟尼人交配後，其後代重返非洲。這些後代的後代又跟本土非洲人交配，結果便把他們身上已有的尼人基因，傳給了非洲人。
出現新人類：丹尼索瓦人
帕玻團隊還有一個重要的貢獻。他們意外地在西伯利亞阿爾泰山脈丹尼索瓦（Denisova）洞穴出土的一個小女孩手指骨中，發現了一種新人類，其基因不同於尼人，也不同於現代人。團隊以出土洞穴，將她命名為丹尼索瓦人（Denisovan）。東南亞及大洋洲三十三個族群的基因中，有部分遺傳自丹尼索瓦人。今天的藏族人，很可能也從丹尼索瓦人那裡，遺傳到一個叫EPAS1的基因，讓他們可以適應高山缺氧的生活。這意味著，丹尼索瓦人很可能是一個廣泛散居在整個亞洲（包括現今中國）和東南亞的物種。
尼人、丹尼索瓦人與現代人是同一個物種？
問題是：尼人、丹尼索瓦人是否跟現代人（智人）屬同個物種？帕玻本人對這問題不願正面回答。美國《科學》期刊的記者吉朋斯（Ann Gibbons）去採訪他時，他說：「我想，爭論什麼是物種，什麼是次物種，都是徒勞無用的學術行為。」所以他不願把他團隊發現的新人類，定為新的人類物種，只稱之為丹尼索瓦人了事，刻意不給他取個物種學名。他說：「為什麼要表明立場（定物種）？這只會引發更多的爭論，然而又沒有人可以做最後的判決。」
然而，吉朋斯去採訪美國威斯康新麥迪生分校的分子人類學家霍克斯（John Hawks）時，他卻很明確地說：「他們互相交配過。我們就叫他們同個物種。」但也有一些學者，不認為尼人和智人是同一個物種。
專門研究物種形成的康恩（Jerry Coyne），在他的部落格中，對這個物種問題有相當詳盡的討論，值得一讀。他的結論說，他同意霍克斯的看法：尼人、丹尼索瓦人和我們現代人，都是同個物種（智人）的成員。
尼人有不少化石在歐洲出土，透露他們的體型不同於現代人，腦甚至比現代人還大，但他們依然可以跟現代人的祖先完成基因交流。這顯示，尼人和智人原本屬於同一個物種，交配時可能正處於漫長的分化過程當中，但又還沒有完成分化，還沒有產生徹底的生殖隔離，還可以進行交配，所以還屬於同一物種。
如果尼安德塔人與現代人基因交流？
過去，科學家、科幻作家和歷史小說家，常在幻想，如果有辦法讓一個尼人復活，讓他去跟一個現代女子交配，會產生什麼樣的「愛情結晶」？什麼樣的「怪胎」？其實，這樣的「實驗」早已經做過了。早在五六萬年前，在中東地區和歐洲，尼人男子就曾經跟不少智人女子交配過。智人男子也曾經跟不少尼人女子交配過，其結果就是現代智人男女，都帶有百分之一到百分之三的尼人基因，並沒有產生什麼「怪胎」。
尼人和智人交配，雖然可以產生有生育能力的後代，但最新的兩項研究卻也揭示，他們交配孕育的後代，其生育能力比較低，特別是男性。這也顯示，尼人和智人並非「完美的配偶」。雙方正處於即將分化的邊緣，快要走向生殖隔離了。
有一個問題是，尼人據所知不曾到過東亞，何以現今的東亞人，包括中國、印度、日本和朝鮮半島以及東南亞和大洋洲人，仍然帶有約百分之一到百分之三的尼人基因？古基因學家的解釋是，智人是在西亞地區和尼人交配，而這些智人的後代又繼續擴散到東亞，所以也把尼人的基因帶給東亞人。尼人的基因遺傳給現代智人，有什麼影響？科研人員目前正在積極探討這個問題，發現的影響有好有壞。好的比如「能幫助現代人較快地適應歐亞大陸較冷的環境」，壞的則如「使現代人對糖尿病、肝硬化、紅斑狼瘡、局限性腸炎等疾病更加敏感，而且對吸菸更容易上癮」。
尼人基因與COVID-19重症關聯
2019年底爆發的COVID-19，至今造成全球數千萬人得重症或死亡。現代人體內的尼人基因，再次引起科研人員的注意。帕玻的研究團隊發現，新冠肺炎重症者當中，有不少人的第三號染色體有一段基因源自尼人。有這段尼人基因的現代人，比較容易染上嚴重的新冠病毒，需要住院，可能因而死亡。南亞人當中，有百分之五十帶有這段尼人基因。歐洲人則有百分之十六。
近年來，古基因研究取得不少令人驚喜的新成果。除了發現尼人曾經和智人交配過之外，也發現丹尼索瓦人曾經跟尼人以及智人有過基因交流。在晚更新世，也就是從大約十萬年到三萬年前，歐洲和亞洲同時存在著三大人類物種：尼人、丹尼索瓦人和智人，且三者之間的交往和交配相當頻繁。
史前時代的混血兒
最新的戲劇性研究發現，是在2018年8月。《自然》期刊發表了一篇報告：帕玻的研究團隊成功為9萬年前活在西伯利亞阿爾泰山洞的一個十三歲女子的化石，做了完整的古基因組定序―她的身上帶有約百分之四十尼人媽媽的基因，也帶有約百分之四十丹尼索瓦人爸爸的基因。這等於說，她從父母那邊各遺傳到一套完整的染色體―她是尼人和丹尼索瓦人交配所生的第一代混血兒。英國倫敦一位人口遺傳學家史果倫特（Pontus Skoglund）說，他很盼望可以見一見這個女子。「在那些基因組被定序過的人當中，她可能是最令人著迷的一個。」