二○○四年十二月，烏克蘭舉行第二輪總統決選的前一周，俄羅斯解散了尤克斯石油（Yukos）。普丁在公開發言中曾一直堅持克里姆林宮無意解散尤克斯石油，其他企業大亨、外國投資者和俄羅斯民眾多少有點相信他。他們認為，即使整個起訴案都源於對霍多爾科夫斯基的敵意，普丁也不至於毀掉俄羅斯最富裕的公司。
然而，隨著對霍多爾科夫斯基（Mikhail Khodorkovsky）和尤克斯石油的檢調抨擊持續進行，普丁也越來越難辯駁自己一無所知，或否認那些顯而易見的事情。
俄羅斯石油瑰寶：尤克斯
尤甘斯克石油（Yuganskneftegaz）是尤克斯石油旗下的主要生產單位，位於西伯利亞西部鄂畢河的一條支流上。第一口油井自一九六○年代蘇聯石油繁榮時期開始鑽採，但產量隨著時間持續下降，蘇聯解體前後的幾年間經營不善。霍多爾科夫斯基的銀行收購該項目，加入惡名昭彰的「貸款換股份」計畫，此交易保全了葉爾欽（Boris Yeltsin）的總統大位；銀行的投資者僅花一億五千萬美元買下尤甘斯克石油，在經歷幾年動盪之後，他們引進國外的專業知識和技術來扭轉局面。直到霍多爾科夫斯基遭捕之前，尤甘斯克石油的產量已占尤克斯公司的百分之六十。
私有化運動後 當局意在「收回」
司法部宣布，霍多爾科夫斯基與合夥人普拉通．雷伯別夫於二○○四年七月在莫斯科北部一個戒備森嚴的小法庭開庭審判後，五天內將扣押並拍賣尤甘斯克石油。檢察官尚未就霍多爾科夫斯基面臨的十一項刑事指控完成開庭辯論，更不用說判處他任何不當行為，但顯然當局已經迫不及待徵收該公司最寶貴的資產。
霍多爾科夫斯基的支持者從審判當天開始聚集在庭外抗議，儘管訴訟似乎已成定局，但接下來的十個月仍定期出現在場外以示不滿。審判過程處處違反程序，包括騷擾被告、證人和他們的律師，令人聯想起蘇聯的作秀審判。如同早期的審判一樣，檢察官公開審判過程、宣讀判決等場面，讓政治和經濟精英不寒而慄，甚至少數在霍多爾科夫斯基遭捕後仍願意公開發聲的人也噤聲了。其他各大石油公司迅速放棄尤克斯採用的節稅技巧，轉而吹噓他們願意支付多少稅金。除了霍多爾科夫斯基的支持者之外，他的發言人、投資者、律師、朋友和家人，在任何議題上敢公開與普丁的克里姆林宮對抗的人越來越少。
普丁與訴訟程序保持距離，彷彿他根本沒有批准過這些訴訟案。然而，收購與拍賣尤克斯石油子公司的判決清楚地表明，將霍多爾科夫斯基從公眾除名不再是唯一目標，現在尤克斯走向破產看來是在劫難逃，而唯獨領導高層才能做出如此重大的決定。
尤甘斯克石油的市值遠遠超過尤克斯積欠國家的三十四億美元稅款，尤克斯也開始償還債務以期自救，但稅務當局又宣布後續幾年的審計狀況和新積欠的罰款，並拒絕尤克斯管理層試圖協商任何還款計畫。債務立即膨脹到兩百四十億美元，超過尤克斯的剩餘價值。普丁無意為財力雄厚的國庫賺取稅收，他想要的是資產本身。
二○○四年十一月十八日，俄羅斯物產基金會宣布尤甘斯克石油的起標價為八十六億五千美元，遠低於德勒斯登銀行的估價，按政府要求所評估的價值落在一百八十億至兩百一十億美元。拍賣日為法定最早的日期，十二月十九日，拍賣會適逢周日仍照常舉行。唯一問題是：買家會是誰？
內部勢力暗潮洶湧
隨著拍賣會將至，普丁發現自己正在調解忠臣圈內的貪婪鬥爭，這些忠臣都是獲得普丁拔擢的國家及產業高官。在這個案例裡，內鬥的衝突並非意識形態不同，或自由主義與強力集團之間的理想差異。
梅德韋傑夫自二○○○年起擔任俄羅斯天然氣公司董事長，致力於加強政府對該公司的掌控，俄羅斯天然氣在技術上屬於私營企業，但國家持有百分之三十八的股份。普丁之所以希望完全掌控這家能源巨頭，是因為它控制了世界上近五分之一的天然氣儲量，以及數千英里使歐洲大部分地區維持溫暖的天然氣管線。
普丁想整合國內石油市場、拿回主導權
普丁起初的計畫是想讓俄羅斯天然氣公司（Gazprom）吸收俄羅斯石油公司（Rosneft），後者是境況不佳的國有企業，普丁一直透過政治支持和特權給予扶植。由於俄羅斯石油是完全國有企業，此次合併將使克里姆林宮獲得能源巨頭的控股權，俄羅斯天然氣將跟埃克森美孚一樣富有，跟沙烏地阿美石油公司一樣順從。這種想法的起源可以追溯到普丁在聖彼得堡的時候，當時他與友人負責監督州級商業交易和石油貿易，並撰寫學術文章，闡述國家介入穩定能源的必要性。才短短幾年，他們就即將在全俄羅斯實現當初的願景。
二○○四年九月，普丁批准俄羅斯天然氣公司與俄羅斯石油的合併案，正好是他在貝斯蘭事件後宣布全面政治改革的第二天。此次合併符合一種集中控管的模式，越來越多權力穩定掌控在普丁手裡。不過，合併案的提議令投資者和分析師感到高興，尤其是外國投資者，原因很簡單：有利可圖。
普丁在此合併案中承諾，一旦國家控制俄羅斯天然氣公司的大部份股權，未來將解除外國投資者購買少數股份的限制。雖然外界認為俄羅斯天然氣公司是個不夠靈敏、效率低落的龐然大物，但其銷售天然氣的壟斷能力和克里姆林宮高度重視下的資助，將創造出巨大報酬，就連最不感興趣的投資者都會受到吸引。幾乎沒有人再為尤克斯的結局煩惱不已。
據估計，外國投資者能使俄羅斯天然氣公司的市值加倍增長，進而惠及上千名股東。此合併案宣布一個月後，時任英國石油公司執行長的約翰．布朗，對於普丁領導俄羅斯的方向讚不絕口，將海內外許多人對克里姆林宮策略的擔憂拋諸腦後：「自從戈巴契夫執政以來，俄羅斯發生很多事情，沒有國家可以在這麼短的時間內發展如此之快。」
將尤克斯納入戰略框架
普丁宣布此合併案會在二○○四年底完成，很明顯地，他希望由合併後的新公司來競標尤甘斯克石油。在拍賣日期和起標價格宣布之後，普丁向德國總理施若德（Gerhard Fritz Kurt Schröder）求助，希望德方協助安排高達一百億美元的融資，以供競標所需。負責這起融資貸款的銀行是德勒斯登銀行，其俄羅斯分行的董事總經理為前史塔西軍官馬蒂亞斯．沃尼格 ，於一九九○年代初期跟普丁成為朋友，是德國與俄羅斯公司之間諸多交易的聯絡人。
俄羅斯天然氣公司與普丁另一位助手，擔任首席執行長的亞列克謝．米勒（Alexei Miller）似乎沒有展現那麼大的熱誠，對於合併俄羅斯石油後又接著收購尤甘斯克石油，該公司仍抱持懷疑態度。另方面，伊格．謝欽（Igor Sechin）對於打造普丁重視的能源巨頭也有自己的想法。
二○○四年七月，普丁指派謝欽擔任俄羅斯石油公司董事長，當時俄油還是俄羅斯第五大的石油公司，現在謝欽懷抱偉大的願景，目標不是俄羅斯天然氣，而是要成為俄羅斯領先的能源公司。這表示俄羅斯石油不僅要防止遭俄羅斯天然氣併吞，並且要單獨收購尤克斯遭扣押的資產。九月份合併案一宣布，謝欽和俄羅斯石油的首席執行長謝爾蓋．波格丹奇科夫就在幕後破壞合併計畫。
尤克斯的最後掙扎
同時，尤克斯的股東和經理們（其中許多人安全地待在海外）尚未放棄採取行動阻止拍賣。他們知道在俄羅斯法庭上沒什麼希望，於是在尤甘斯克石油拍賣會的前六天，聘請律師從遙遠的德州跨國申請破產。這是絕望之中的作法，對於一家與德州關係不大的俄羅斯公司而言，法律依據顯然不足，但隔天法官頒布一項臨時限制令以阻擋拍賣進行，直到她考量到申請破產的好處為止。這項命令不能阻止俄羅斯當局的行動，但確實影響到排隊申請拍賣融資的外資銀行。如同兩周前烏克蘭最高法院的裁決，臨時限制令打亂了普丁精心安排的計畫，他憤怒地回應並嘲笑法官：「我甚至懷疑這家法院是否知道俄羅斯在哪裡？」普丁也對於美國法庭無恥干涉俄羅斯國內事務的行為感到不滿。
德州法官最終以管轄權為由駁回申請，但屆時她的限制令已產生預期效果。國際銀行業者因擔心在美國的法律責任，而撤回了替俄羅斯天然氣公司所準備的融資，天然氣公司欲透過預計合併的新公司「俄羅斯天然氣石油公司」名義來購買尤克斯資產，當時新公司只是空殼。為求自保，俄羅斯天然氣公司正式退出新公司，但這家空殼公司即使沒有現金下標，在拍賣會舉行時仍持續競標。
這場拍賣會喚醒了一九九○年代黑暗的私有化交易，儘管普丁承諾要撥亂反正，但國家當局仍使用相同伎倆，以低價分割財產，這一回是從私營企業手中奪回資產。政治戰略家指出，尤甘斯克石油的拍賣會「就是一場犯罪集團重新分配資產的交易，目的在控制國家的基本金融流動，跟一九九○年代的私有化交易一樣。」
霍多爾科夫斯基的審判又拖了五個月，法院一再拒絕被告的請求，不讓被告律師傳喚證人，還限制訊問。四月十一日，霍多爾科夫斯基站在法庭前進行最後陳述，他聲明自己是清白的，三十九分鐘的發言充滿激昂、挑釁和理直氣壯。霍多爾科夫斯基自稱是俄羅斯的愛國人士，之所以遭到起訴並不是因為任何真正的犯罪行為，只因為自己是「錯誤的寡頭」。
「今天忙於掠奪尤克斯資產的那些人，實際上無益於俄羅斯及國家利益，他們不過是卑鄙、自私自利的官僚。整個國家都明白為什麼我被關在監獄裡，因為這樣我就不會干涉他們掠奪尤克斯。」霍多爾科夫斯基說，「歷史法庭」將還他公道。